Thuế nhập khẩu có thể được dùng như công cụ bảo hộ mậu dịch:

• Giảm nhập khẩu bằng cách làm cho chúng trở nên đắt hơn so với các mặt hàng thay thế có trong nước và điều này làm giảm thâm hụt trong cán cân thương mại.
• Chống lại các hành vi phá giá bằng cách tăng giá hàng nhập khẩu của mặt hàng phá giá lên tới mức giá chung của thị trường.
• Trả đũa trước các hành vi dựng hàng rào thuế quan do quốc gia khác đánh thuế đối với hàng hóa xuất khẩu của mình, nhất là trong các cuộc chiến tranh thương mại.
• Bảo hộ cho các lĩnh vực sản xuất then chốt, chẳng hạn nông nghiệp giống như các chính sách về thuế quan của Liên minh châu Âu đã thực hiện trong Chính sách nông nghiệp chung của họ.
• Bảo vệ các ngành công nghiệp non trẻ cho đến khi chúng đủ vững mạnh để có thể cạnh tranh sòng phẳng trên thị trường quốc tế.

Thuế xuất khẩu có thể được dùng để:

• Giảm xuất khẩu do nhà nước không khuyến khích xuất khẩu các mặt hàng sử dụng các nguồn tài nguyên khan hiếm đang bị cạn kiệt hay các mặt hàng mà tính chất quan trọng của nó đối với sự an toàn lương thực hay an ninh quốc gia được đặt lên trên hết.

Thuế xuất nhập khẩu có thể được dùng để tăng thu ngân sách cho nhà nước.

Tùy từng nhu cầu mà một hay vài mục đích nói trên được đề cao. Khi bị xác định là có mục đích bảo hộ mậu dịch, thuế nhập khẩu có thể trở thành đối tượng bị nước ngoài đòi cắt giảm.